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Abstract Title:Identifying the natural polyphenol catechin as a multi-targeted agent against SARS-CoV-2 for the COVID-19的合理疗法:一种综合的计算方法。
摘要来源:
简短的生物信息。 2021 03 22; 22(2):1346-1360。 PMID: 33386025“> 33386025 Sharma, Md Zubbair Malik, Raj Kumar Mongre, Andrew M Lynn, Rajendra Prasad, Raok Jeon, Amresh Prakash
Article Affiliation:Chandra Bhushan Mishra
Abstract:The global pandemic crisis, coronavirus disease 2019 (COVID-19), caused by the severe acute respiratory syndrome冠状病毒2(SARS-COV-2)夺走了世界上数百万人的生命。抗SA的开发和测试RS-COV-2药物或疫苗在对抗这一大流行所需的时间范围内尚未变为现实。在这里,我们报告了一种全面的计算方法,可以鉴定针对SARS-COV-2蛋白的多靶标药物分子,该分子与病毒宿主相互作用至关重要,宿主内部的病毒的复制,冠状病毒感染的疾病进展和传播。对靶蛋白,尖峰(S)糖蛋白,人血管紧张素转化酶2(HACE2),3- chyMotrypsin蛋白酶蛋白酶(3clpro),pole蛋白蛋白酶蛋白酶蛋白酶蛋白酶蛋白酶蛋白酶,对靶蛋白的75种潜在抗病毒药物进行了虚拟筛查(RDRP)和非结构蛋白6(NSP6)导致选择了七种优先结合靶蛋白的药物。此外,由分子动力学模拟确定的分子相互作用表明,在75个药物分子中,儿茶素可以有效地与3clpro,CTSL,RBD结合S蛋白,NSP6和核素蛋白的蛋白质。它更方便地参与关键分子相互作用,显示-5.09 kcal/mol(CTSL)至-26.09 kcal/mol(NSP6)的结合自由能(ΔGBIND)。在结合袋中,儿茶素主要通过疏水相互作用稳定,显示ΔEVDW值:-7.59至-37.39 kcal/mol。因此,儿茶素与多种靶蛋白的更好结合亲和力和有利的分子相互作用的结构见解表明,可以将儿茶素作为针对Covid-19的多靶标的探索。
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