Comput Biol Chem。 2022年6月28日； 99：107721。 EPUB 2022 JUN28。PMID： 35835027“> 35835027 Rameez Jabeer Khan，Ankit Kumar，Monika Jain，Jayaraman Muthukumaran，Amit Kumar Singh
文章隶属关系：ekampreet Singh
摘要：Papain类似蛋白酶（Plpro）（plpro）是来自Coronaviridae firlises cornave of cornaviridae firnise of coronaviridae firnise。冠状病毒具有积极的单链RNA，导致两种含有病毒结构，非结构性蛋白质和辅助蛋白的病毒多肽的翻译。PLPRO负责从病毒多肽中NSP1-3的裂解。 PLPRO还具有去泛素化和去裂解活性，从而隔离了宿主免疫系统的病毒。 PLPRO的这种必不可少的属性使其成为吸引药物靶标的蛋白质。本研究旨在分析配体结合对PLPRO的结构影响。首先，对PLPRO进行了筛选，根据试验中的锌库，根据估计的结合亲和力和相互作用模式从中鉴定了四种铅化合物。接下来，基于分子对接结果，对ZINC000000596945，ZINC000064033452和VIR251（对照分子）进行了分子动力学模拟。该研究评估了利用主成分分析，动态互相关矩阵，自由能景观和时间依赖性基本动力学的全球和基本动力学分析，以预测模拟环境中配体结合后PLPRO中观察到的结构变化。 MM两个选定分子的基于/PBSA的结合自由能计算，即锌0000596945（-41.23±3.70 kcal/mol）和锌000064033452（-25.10±2.65 kcal/mol），显示了plpro的潜在抑制剂的显着值，这些值将其视为潜在的抑制剂。