摘要标题：
通过虚拟筛选和分子建模研究松果菊苷对金黄色葡萄球菌Ser/Thr磷酸酶Stp1的抑制机制。
摘要来源：J Mol Model。 2023 年 9 月 19 日；29(10):320。 Epub 2023 年 9 月 19 日。PMID：37725157
摘要作者：谢鹏、高跃、吴晨琪、李学楠、杨亚楠
文章作者单位：谢鹏
摘要：背景：Stp1是一个与金黄色葡萄球菌致病性密切相关的新的潜在靶点（金黄色葡萄球菌）。本研究通过虚拟筛选和酶活性实验筛选出有效的Stp1抑制剂，并利用分子动力学模拟分析其抑制机制。
方法：< /span>AutoDock Vina 4.0软件用于虚拟筛选。 Stp1和Stp1的分子结构配体分别从 RCSB 蛋白质数据库和锌数据库获得。分子动力学模拟使用Gromacs 4.5.5软件包以及Amberff99sb力场和TIP3P水模型。使用 AutoDock Tools 将极性氢原子添加到 Stp1 中，并分配 Kollmans 组合原子产生的部分电荷。使用Amber 10软件包计算结合自由能。
结果：理论计算结果与实验结果一致。我们发现松果菊苷 (ECH) 显着抑制 Stp1 的水解活性。 ECH 通过与 Stp1 的活性中心结合来与底物竞争，导致 Stp1 活性降低。此外，Met39、Gly41、Asp120、Asn162 和 Ile163 被确定在 Stp1 与 ECH 的结合中发挥关键作用。 ECH 的苯环在络合物结合中也起着重要作用。这些发现提供了强有力的证据资助研发创新抗感染药物。